与任何新技术一样，数码印刷也有局限性有待解决。第一是成本，第二是对数码工作流程中的客户服务和印前人员进行再次培训。无论购买、使用还是维护，数码印刷机比一般印刷机要昂贵，与柔版印刷机相比，与之相当的四色喷墨印刷机的价格要高几倍。此外，数码印刷机的操作费用也高于普通印刷机，由于需要更经常保养和维护，数码印刷机的保养费用也较高。数码印刷机的操作成本较高，因为调色剂和油墨成本比普通柔版和胶印要高，喷墨印刷用的UV油墨大约200美元／升，在85％遮盖率的情况下，调色剂的成本大约为0.55美元／千平方英寸(1平方英寸=6.45 cm2)，承印材料以外消耗品的费用为0.48美元／千平方英寸，比承印材料的价格大约高30％。

    数码印刷是一项新技术，要求具有专业的操作技能。采用数码印刷，包装印刷厂要负责从设计到印刷机的图文和版式数据的准确转换。而从前，一般由印前车间负责将设计文件转换成可以印刷的二进制影像和准确的分色片。不管是数码印刷还是传统印刷，这都是包装印刷厂传统工作流程的重大变化。此外，所有数码印刷能印刷的色调有限，使适合数码印刷的图形设计也受到限制，相信随着包装的专业企业、图形设计者和包装印刷厂逐渐取得数码印刷的经验，这些局限将会大大地减少。